黨政機構的行政級別，與其職能、定位、任務等息息相關。一個機構的級別升格，往往伴隨著職能的轉變、整合、加強，是其在全局工作中地位提高的直觀體現。現存的不少機構，曾經歷了級別升格的變遷。
目前中共中央序列的辦公室，如中央外辦、台辦、財辦、編辦等，級別均是正部級。但並非都成立之初就如此。以中央外事工作委員會辦公室為例，1988年國務院機構改革設立國務院外事辦公室，作為外事系統的歸口協調辦事機構，當時規格為副部級。 1991年11月，國務院外事辦公室升格為正部級，外交部副部長齊懷遠出任外辦主任。 1998年改組為中央外事辦公室，列入中央直屬機構序列。
總局總署強化統一監管
國務院現有的總局、總署，如體育總局、廣電總局等，級別均為正部級。這也是經過了歷史變遷形成的。歷史上，一些取名“總局”的機構，曾是副部級甚至是正司局級。 1980年，中央恢復設立海關總署，統管全國海關工作，直屬國務院。當時的海關總署，規格為副部級。 1998年4月，海關總署升為正部級。時任署長錢冠林也由副部級幹部成為第一任正部級署長。
國家稅務總局與海關總署一樣，也同樣經過了多次變革。從1950年到1988年，曾長期設立“財政部稅務總局”，負責稅收工作。雖然名為“總局”，但這實際上只是一個正司局級部門。直到1988年機構改革，新組建了國家稅務局，名稱從“總局”縮略為“局”，級別卻升格為副部級，仍由財政部領導。 1993年4月，國家稅務局改組為國家稅務總局，同年12月正式升格為正部級。
市場監管領域，改革調整歷程更為複雜。 1978年，國務院決定設立國家工商行政管理總局，當時亦為副部級單位，1982年更名為國家工商行政管理局。 1988年，國家計量局、國家標準局、國家經濟委員會質量局“三局合一”組建國家技術監督局，1998年加強為國家質量技術監督局。 1998年，國家進出口商品檢驗局、農業部動植物檢疫局、衛生部衛生檢疫局“三檢合一”組建國家出入境檢驗檢疫局。工商局、質監局、檢驗局，均為副部級的國家局。
2001年，為加入世貿組織做準備，強化市場經濟運行監管工作，國家工商行政管理局升格為正部級的國家工商行政監督管理總局；國家質量技術監督局、國家出入境檢驗檢疫局合併組建正部級的國家質量監督檢驗檢疫總局。
2008年，國家食品藥品監督管理局升格為正部級的國家食品藥品監督管理總局。市場監督領域形成了工商、質檢、食安三足鼎立格局。但這也造成了“多龍治水”、交叉重複的弊端。 2018年，三大總局合併為國家市場監督管理總局，形成了自改革開放以來最為集約監管的模式。
“局、總局、部”升格三部曲
國務院的機構類型包括組成部門、直屬機構、直屬特設機構、辦事機構、直屬事業單位等。其中以組成部門的地位最高，目前共有26個組成部門。按照《國務院組織法》《國務院工作規則》的規定，國務院由總理、副總理、國務委員、各部部長、各委員會主任、人民銀行行長、審計長、秘書長組成。嚴格來說，只有組成部門的首腦，才是國務院組成人員，而其餘總局、副國級國家局等機構的首腦，則並不屬於國務院組成人員。因此，一個單位，能夠升格為國務院組成部門，就意味著政治地位的提高，也被俗稱為“入閣”。
這方面的典型代表是生態環境部和應急管理部，均陸續經歷了“局——總局——部”的升格三部曲。
1984年，城鄉建設環境保護部內設的環境保護局改為“國家環境保護局”，但仍為正司局級部門，繼續歸該部領導。 1998年升格為副部級，並成為國務院直屬機構。隨著治理污染任務日益繁榮，環保工作愈加凸顯，1998年，國家環境保護局升格為國家環境保護總局（正部級），2008年進一步升格為環境保護部，成為國務院組成部門。 2018年，環境保護部又整合了原屬於國家發改委、國土資源部、水利部、農業部、國家海洋局、南水北調辦的相關職責，組建生態環境部，職權空前擴大。
本世紀之初，礦難等重大安全生產事故一度高發。 2003年，原由國家經貿委管理的國家安全生產監督管理局，改為國務院直屬機構，2005年由升格為正部級的國家安全生產監督管理總局。 2018年機構改革，安監總局整合公安部消防管理、民政部救災、國土資源部地質災害防治、水利部水旱災害防治、農業部草原防火、國家林業局森林防火、中國地震局震災應急救援等職責，組建應急管理部，成為國務院組成部門，夯實了安全生產、災害管理、應急救援的綜合力量建設。
金融也是機構改革調整頻率較高的領域。 1992年10月，國務院證券委員會、中國證券監督管理委員會成立。前者負責統管證券行業，後者受前者領導，負責具體的證券市場監管執行。 1995年3月，中國證監會為國務院直屬事業單位，規格為副部級。
1997年，全國第一次金融工作會議，對銀行、證券、保險各行業都進行了改革調整部署，強化監管。 1998年4月，中國證監會與國務院證券委合併，升格為正部級。同年11月，中國保險監督管理委員會成立，作為副部級的國務院直屬事業單位，2003年也升格為正部級。 2018年，銀監會、保監會合併為銀保監會，並在2023年改組為國家金融監督管理總局，作為國務院直屬機構，證監會也同樣從國務院直屬事業單位轉制為國務院直屬機構。
2002年7月，國務院任命發表了一批國家工作人員任免令，其中，任命白志健為中央人民政府駐澳門特別行政區聯絡辦公室主任，李勇武、劉名啟、柯小剛、王今翔為副主任。實際上，這四人之前就已經就任相關職務。這一任命的背景在於，澳門中聯辦在當年由副部級單位升格為正部級。因此，涉及機構改革，需要對相關官員重新任命。
群團升格減少行政干預
除了黨政機構外，事業單位、群團組織、省市政區等，均不乏從副部級升格正部級的情況。國務院直屬事業單位方面，中央人民廣播電台、中國國際廣播電台、中央電視台等3家副部級單位，合併組建中央廣播電視總台（正部級），成為與人民日報社、新華通訊社並列的三大正部級央媒。
群團組織亦有升格的例子。目前，正部級的全國性群團組織由全國總工會、共青團中央、全國婦聯、中國科協、中國文聯、中國作協、中國僑聯、全國工商聯等。中國科協曾長期委託國家科委（科技部前身）黨組代管。 1995年，中央辦公廳下發《中國科協機關機構改革方案》，進一步明確中國科協由中央書記處直接領導的體制，中國科協黨組書記由副部級升格為正部級，時任中國科協黨組書記張玉台從副部級明確為正部級幹部。中國科協自此與國家科委平級，以更獨立的地位開展群團工作，減少行政干預。
地方省市方面一直相對穩定。在改革開放後，涉及省級政區升格的只有海南建省、重慶直轄等2例。1988年，原隸屬於廣東省的海南行政區（副省級），單獨建省，成為正部級單位。1997年，重慶市由隸屬於四川省的副省級計劃單列市，升格為正省級，成為全國第四個直轄市。
